Gdy w 1579 roku podjęto się kompleksowej modernizacji szpitala, wraz z nią nastąpiła przebudowa i powiększenie kaplicy. Było to możliwe dzięki finansowemu zaangażowaniu kardynała Antonio Marii Salviatiego. W paradoksalny sposób ten wybitny filantrop, którego zasługą była nie tylko fundacja kościoła i szpitala San Giacomo in Augusta, ale też finansowe wsparcie szpitala znajdującego się obok kościoła San Rocco, do historii przeszedł nie dzięki swym miłosiernym i pobożnym czynom, ale za sprawą swego kucharza i sługi. Był nim nie kto inny, jak Cesare Ripa, autor prawdziwego bestsellera tamtych czasów, czyli Ikonologii (1593) – tłumaczonego na wiele języków europejskich ikonograficznego słownika symboli i alegorii, będącego dla współczesnych podstawowym źródłem do poznania sztuki i literatury baroku.

Prostą, dwukondygnacyjną, zdobioną pilastrami fasadę kościoła zaprojektował Carlo Maderno, ten sam, który stworzył fasadę bazyliki watykańskiej (San Pietro in Vaticano). Właściwie ją sfinalizował, gdyż pierwotnie zarówno ją, jak i plan wnętrza świątyni zlecono innemu architektowi; był nim Francesco Capriani da Volterra. Ten mało znany budowniczy stworzył przemyślane, wyrafinowane w formie dzieło, któremu warto poświęcić uwagę, tym bardziej że był to jeden z pierwszych w Rzymie kościołów zbudowanych na planie elipsy. 

W poszukiwaniu wspaniałych dzieł epoki baroku, wybierając między Gian Lorenzo Berninim, Francesco Borrominim czy Pietro da Cortoną, często zapominamy, że oprócz nich działało w Rzymie wielu innych utalentowanych, zdolnych i ambitnych twórców, którzy nie obracali się w towarzystwie wpływowych mecenasów i fundatorów, nie byli członkami uznawanych rodzin budowniczych albo z wielu innych powodów nie otrzymywali prestiżowych zleceń, niemniej wykonywali swoją pracę nie tylko rzetelnie, ale i z polotem.

Tropem wskazującym na patrona kościoła, św. Jakuba Starszego, są znajdujące się w fasadzie muszle – pątnicze symbole, jakie nabywano w Composteli, miejscu kultu tego apostoła w dalekiej Hiszpanii, i doczepiano do odzienia przed udaniem się w drogę powrotną z pielgrzymki.  Przyczółek świątyni wieńczy też, wręcz niewidoczny z ulicy, herb kardynała Antonio Marii Salviatiego. Jest to jedyny dowód wieloletniego zaangażowania tego duchownego, zabiegającego o to, aby w Roku Jubileuszowym 1600 pielgrzymi przybywający z Północy, albo będący w drodze powrotnej, mogli odnaleźć w szpitalu ulgę w cierpieniu, a w kościele duchowe wsparcie. Co ciekawe, kościół wzbogacono o równie rzadkie w tym czasie w Rzymie dwie (a nie jedną) kampanile, znajdujące się po stronie absydy – od strony ulicy są one schowane, świetnie je natomiast widać z pobliskiego wzgórza Pincio. Patrząc z tego miejsca, możemy zobaczyć nie tylko dziwne, wysokie dzwonnice, ale również zielony, porośnięty mchem dach kościoła. Jak pancerz okrywa on jego korpus, który za sprawą nieprostopadłego usytuowania względem fasady nadaje świątyni wygląd żółwia wyciągającego szyję w lewą stronę, w dodatku wzbogaconego na odwłoku dwiema naroślami (dzwonnicami).

Wnętrze, oparte na planie elipsy i ozdobione pilastrami o korynckich kapitelach, wzbogacono otwierającymi się do niego kaplicami bocznymi w formie trójdzielnego łuku triumfalnego. Podobna forma łuku podwyższonego otwiera się na chór, w ten naturalny sposób go akcentując i nobilitując. Znajdujący się w kościele ołtarz jest dziełem Carlo Maderna, który budulec (kolumny) pozyskał ponoć z pobliskiego mauzoleum Augusta. Całość zwieńczono ozdobnym gzymsem, na którym spoczywa płaska, eliptyczna kopuła, w wyrafinowany i w pełni oryginalny sposób przepruta dwoma rzędami okien doprowadzających światło do wnętrza. Umieszczone w niej freski, powstałe dopiero w XIX wieku, ukazują Chwałę   św. Jakuba.

W kościele nie znajdziemy zbyt wielu interesujących dzieł sztuki, gdyż padł on ofiarą antyklerykalnych zamieszek w 1849 roku. Znaczna większość obiektów pochodzi z XIX wieku. Niemniej i tu znajdziemy kilka prawdziwych perełek, świadczących o dawnej randze kościoła.

• Zaraz przy wejściu (pierwsza kaplica po prawej stronie) znajduje się interesujący obraz Pomarancia (Cristoforo Roncalli), czołowego rzymskiego manierysty, ukazujący Zmartwychwstanie (1602). Ten popularny w Rzymie malarz udowodnił w nim swój talent do przedstawiania dramatycznych, pełnych ekspresji scen.
• Reliefowy ołtarz znajdujący się w środkowej kaplicy po prawej (Cappella dei Miracoli) wykonany został w 1716 roku przez znanego wówczas francuskiego rzeźbiarza Pierre’a Le Grosa. Ukazuje świętego pustelnika Franciszka z Paoli, założyciela zakonu minimitów, modlącego się do wbudowanego w kompozycję obrazu Madonny z Dzieciątkiem.  Z obrazem tym, któremu przypisywana jest cudowna moc (stąd jego nazwa Madonna od Cudów), wiąże się historia uratowania dziecka z fal Tybru. Kobieta, której dziecko wpadło do rzeki, modliła się do obrazu Madonny znajdującego się w murze miejskim nieopodal kościoła Santa Maria del Popolo. Dziecko zostało uratowane, a niepozorny wizerunek Madonny, który uznano za sprawcę tego cudu, przeniesiono do nowo wybudowanej kapliczki w pobliżu rzeki. Ponieważ wciąż narażony był tam na wylewy Tybru, obraz ostatecznie znalazł swe miejsce właśnie w kościele San Giacomo in Augusta. Na jego miejscu w kapliczce umieszczono kopię, ale i ona w końcu trafiła do pobliskiego kościoła Santa Maria dei Miracoli, który zresztą swoją nazwę (Matki Bożej Cudownej) zaczerpnął od tego obrazu.

• Kaplica św. Józefa (trzecia po prawej), choć poświęcona jest Józefowi, w ołtarzu głównym ma Chrzest Chrystusa, obraz namalowany przez florentyńczyka Domenico Crestiego (Passignano). Ten obecnie mało znany barokowy malarz na początku XVII wieku był często zatrudniany przez papieży, kardynałów i arystokratów do dekoracji rzymskich kościołów i pałaców. Dziś znany jest głównie jako autor portretów Galileusza i Michała Anioła (Michelangelo Buonarroti).
• Po przeciwnej stronie, w kaplicy św. Rozalii, zobaczymy godny szczególnej uwagi, piękny obraz Adoracja pasterzy (1626), którego autorem jest Antiveduto Grammatica. To kolejny zapomniany rzymski malarz, kiedyś posiadający własną pracownię, w której zatrudniał nawet Caravaggia w pierwszych latach jego pobytu w Rzymie. Obraz znajdujący się w kaplicy jest przykładem wpływu, jaki Caravaggio wywarł na rzymskich artystów po tym, jak odsłonięto jego obrazy w kościele San Luigi degli Francesi. Jego Powołanie świętego Mateusza wstrząsnęło Rzymem – wszyscy malarze, młodzi i starzy starali się naśladować światłocieniową dramaturgię, postacie malowane z żywego modela i tendencję do plebejskości. Adoracja pasterzy Grammatiki jest tego świetnym dowodem. Warto na niego rzucić okiem, zobaczywszy wcześniej dwa popularne dzieła Caravaggia, znajdujące się nieopodal, w bazylice Santa Maria del Popolo.

W kaplicy środkowej (po lewej) znajdziemy monumentalną figurę patrona kościoła – św. Jakuba Starszego.  Wykonana została przez Ippolito Buzziego, który na ogół wspomagał swymi umiejętnościami wielkich rzeźbiarzy i architektów (w tym Gian Lorenzo Berniniego) przy dekoracji kościołów, fontann i pałaców Wiecznego Miasta. Ale zawdzięczamy mu coś, na co rzadko zwraca się uwagę, podziwiając zbiory antycznych rzeźb. Otóż pragnąc sprostać wymaganiom swych zleceniodawców, do których zaliczał się też Ludovico Ludovisi – właściciel wielkiej kolekcji antycznych posągów, nadwyrężonym zębem czasu zabytkom przeszłości dorabiał kończyny, głowy, biusty albo inne towarzyszące im atrybuty. Czasami były to delikatne korektury, czasem daleko idące wariacje na temat antyku – w zależności od znaczenia dzieła, ale też ilości zachowanych części. W ten sposób przywrócił antycznym rzymskim rzeźbom życie, równocześnie życie to zaburzając współczesnym archeologom, którym niejednokrotnie włosy stają na głowie, gdy analizują ową bardzo powszechną w XVI i XVII stuleciu tendencję do poprawiania i uzupełniania dzieł przeszłości.